Quando l’amato nonno lascia a Jake indizi su un mistero che attraversa mondi e tempi alternativi, il ragazzo si ritrova in un luogo magico noto come "La casa per bambini speciali di Miss Peregrine". Ma il mistero si infittisce quando Jake conosce gli abitanti della casa, i loro poteri speciali e i loro potenti nemici. Che cos’è reale? Di chi ci si può fidare? E chi è veramente Jake? Il film è tratto dal libro di Ransom Riggs.